にきびは、毛穴（毛包）がホルモンと細菌と皮脂の相互作用によって炎症を起こすことでできる。従って、皮脂が多く分泌される部位にできやすい。にきびは、皮脂を分泌する毛穴が詰まるところから始まる。詰まった毛穴の中に乾いた皮脂や角質（死んだ細胞）がたまり、この状態が黒にきび（毛穴が開いて中身が見えている状態）または白にきび（毛穴が閉じている状態）と呼ばれるものである。

黒にきび、白にきびの状態から赤いにきびを作り出すのは、ブドウ球菌と同様に皮膚に非常に多く存在する皮膚常在菌のアクネ桿菌（プロピオニイバクテリウム・アクネス、 P.acnes）である。アクネ桿菌は、嫌気性の細菌のため酸素のない脂腺の奥に生息する。また、皮脂を好むため、詰まった毛穴の中で皮脂を栄養として過剰に増殖し、脂肪分解酵素のリパーゼを分泌し、皮脂を遊離脂肪酸にしてコメドとなる。また紫外線や空気中の酸素が皮脂を過酸化脂質に変化させる。このように皮脂が遊離脂肪酸へ変化し酸化され過酸化脂質へと酸化された結果、炎症が起きて赤くなったり、膿がたまって黄色い部分ができるという症状が出る。また、さらに進行すると、毛穴が破れて中身が流れ出し炎症が広がることもある。その場合は皮膚の深い部分を傷つけてしまうため、炎症が治っても痕（瘢痕・あばた）が残る場合が多い。なお、にきびのできるメカニズムは完全には解明されていない。また粉瘤腫というほぼ同じ外見の腫れが身体のいずれかの場所にできる場合もあるが、治療方法がにきびとは異なる。

化粧品の使用は毛穴を詰まらせ、にきびを悪化させる場合がある。チョコレートなど特定の食品や性行動が原因とする噂があるが、科学的根拠は存在しない。思春期発生するものはテストステロンの分泌量移行に対する反応であることが多い。ほとんどの人では、その反応は時間がたつにつれて減少する。その結果、20代前半までにはにきびは改善するか少なくともその数を減じる。ホルモン分泌の乱れや、睡眠不足やストレスや食生活などの不摂生な生活によって皮脂分泌が多くなる。

自慰をするとにきびが増えるといった噂があるが、単に思春期に自慰する機会とにきびができる時期がかぶる為にそういう噂ができたと思われる。その一方で、精子には亜鉛が多く含まれており、肌の育成に必要な亜鉛が不足してにきびを引き起こしてしまうという説もある。

にきびダニ、俗に顔ダニと呼ばれる寄生虫は、ほとんどの人の顔に数万匹程度生息している。通常は過剰な脂肪分を餌にしているため、皮膚の酸性状態が保たれて、細菌から皮膚を保護しているもので、害をなすものではない。

にきびとは、皮膚の炎症性疾患。痤瘡（ざそう）とも言う。にきびという語は一般的に青年のものに限って使われ、成人のニキビは吹き出物とも呼ばれることが多い。にきびの語源は諸説ある。

顔・胸・背に見られるものは、医学的に「尋常性痤瘡」として知られていて、そのうち顔面に発生するものを世間でにきびとよぶ。